تمّ إنشاء قسم الشؤون المالية في رئاسة جامعة كربلاء عند تأسيس الجامعة في تأريخ 1/3/2002 وكان القسم في حينها يقوم بأعمال صرف الرواتب والنفقات التشغيلية للجامعة إضافةً الى صرف النفقات الاستثمارية كما يتضمن حساب التعليم العالي الذي يتمّ ايداع الايرادات المستحقة فيه وفق قانون صندوق التعليم العالي لسنة /1999 وتوزيعها على المنتسبين كما ترتبط بها شعبة الحسابات في الكليات فيما ينظم الشؤون المالية واستمر العمل على هذه الشاكلة حتى عام 2008 حيث تمّ إنشاء عدة شعب في .القسم حسب الاختصاصات