يعتبر قسم الاعمار والمشاريع احد اقسام رئاسة الجامعة ويرتبط بالسيد مساعد رئيس الجامعة للشؤون الادارية ً اداريا و بدائرة الاعمار والمشاريع في وزارة التعليم العالي والبحث العلمي ويضم كوادر هندسية وفنية وادارية ً فنيا باختصاصات مختلفة تؤدي المهام المناطة بها كفريق عمل واحد تسوده روح التعاون ومشاركة الخبرات بين اعضاءه للارتقاء بالواقع العمراني لجامعة كربلاء المقدسة.
يهتم القسم بتنفيذ والاشراف على المشاريع الانشائية والكهربائية والميكانيكية التي تخدم الجامعة وتكون تلك المشاريع ضمن ابواب معينة منها تكون ذاتية كالتنفيذ المباشر حيث يتم اعداد من الجامعة وتنفذ من قبل ً وتمويل المشاريع ذاتيا كوادر القسم بشكل مباشر حيث يقوم القسم بتشكيل لجان فنية هندسية من منتسبيه لاعداد جداول الكميات للمواد المطلوبة للعمل وتنفيذ واستلام المشاريع ضمن مواصفات قياسية معينة. واخرى يتم اعدادها وتمويلها من خارج الجامعة كمشاريع الخطة الاستثمارية حيث تمول من قبل وزارة التعليم العالي والبحث العلمي ويتم تنفيذها كمقاولات من قبل شركات حكومية او اهلية مختصة وينظم ذلك من قبل شعبة العقود الحكومية ويكون دور القسم اشراف فني هندسي على تنفيذ العمل وكذلك تنظيم الامور الادارية المتعلقة بتنفيذ المشاريع.
وهناك ابواب اخرى كمشاريع تنمية الاقاليم العائدة الى المحافظة وغيرها من المشاريع الممولة من جهات اخرى.
يشترك قسم الاعمار والمشاريع مع الاقسام الاخرى للرئاسة في سياق عمله لانجاز مهامه بصورة تامة من الناحية المالية والرقابية وكذلك التواصل المستمر مع المكتب الاستشاري الهندسي التابع الى الجامعة ومكاتب استشارية اخرى لتقديم الحلول الهندسية المناسبة في التنفيذ وبالتالي الحصول على افضل النتائج في انجاز مشاريع الجامعة.